对于巧克力囊肿的手术治疗，一般可以分为开腹手术以及经腹腔镜手术，具体需要根据患者的年龄、生育要求、囊肿的情况来进行综合判断。

开腹手术能够比较明确的了解到病灶的具体情况，主要适用于手术切除一些比较大的巧克力囊肿，但开腹手术的创面相对来说比较大，可能会在腹部留下较大的伤口。

经腹腔镜手术属于是一种微创手术，对于单发的、粘连比较少的巧克力囊肿，患者也想保留生育功能的，可以在腹腔镜下行巧克力囊肿剥除术；如果粘连比较重，又想保留生育功能，可以只切除内膜异位灶和一侧卵巢；对于病情严重者，可能要完全切除子宫以及双侧附件。

总之，巧克力囊肿的手术有多种方式，要根据患者的具体情况，来制定个体化的手术方案，以达到良好的治疗效果。